Une infection est l'invasion des tissus corporels par des microorganismes, puis leur prolifération au sein des tissus. Si le microorganisme ne produit aucune manifestation clinique, l'infection est dite asymptomatique ou subclinique. Toutefois, asymptomatique ne signifie pas nécessairement inoffensif : certains états asymptomatiques peuvent provoquer des lésions sévères pour l'hôte.

Toute altération détectable du fonctionnement normal des tissus est appelée maladie.

La capacité des microorganismes à produire des maladies (pouvoir pathogène) est variable selon leur nature, tout comme leur virulence (aptitude des microbes à se développer dans l'organisme de l'hôte et à y sécréter des toxines).

La gravité des maladies produites et la contagiosité sont également très variables selon les microorganismes. Si l'agent infectieux peut être transmis à un individu par contact direct ou indirect, par l'intermédiaire d'un vecteur ou d'un véhicule inerte, ou s'il s'agit d'une infection véhiculée par l'air, on a affaire à une maladie transmissible ou maladie contagieuse (contage : cause matérielle de la contagion).

De façon générale, cinq groupes de microorganismes peuvent être à l'origine de maladies : les bactéries, les virus, les champignons, les protozoaires et les rickettsies.

LES BACTERIES sont un groupe de microorganismes monocellulaires légèrement plus grands que les virus. Elles ont été découvertes au 17ème siècle avec l'invention du microscope et sont souvent appelées "germes". Elles se présentent sous forme de petits bâtonnets ou de groupes de cellules arrondies. Elles peuvent vivre de façon autonome (elles n'ont pas besoin d'autres organismes pour vivre) et se multiplient par subdivisions. Même si certaines bactéries sont bénéfiques, d'autres produisent des toxines nuisibles pour les cellules humaines. Parmi les bactéries pathogènes courantes, on peut citer certains staphylocoques, certains streptocoques, des chlamydiae et des gonocoques.

LES CHAMPIGNONS ("fungus" en latin) sont des organismes monocellulaires légèrement plus grands que les bactéries. Ils prolifèrent en atmosphère humide et chaude. Il en existe plus de 100 000 espèces différentes. Les variétés fongiques les plus courantes sont les moisissures, les levures et les champignons proprement dits. Certains sont inoffensifs, voire même bénéfiques, d'autres sont pathogènes. Les spores libérées par les champignons pénètrent dans l'organisme par inhalation, piqûre, ou sont ingérées avec les aliments contaminés. La plupart de ces microorganismes provoquent des infections qui touchent d'abord la peau ou les muqueuses puis qui se propagent dans d'autres régions de l'organisme.

LES PROTOZOAIRES constituent la forme la plus primitive de la vie. Chaque protozoaire n'est composé que d'une cellule unique. Leur taille est microscopique mais ils sont plus grands que les bactéries. Ces microorganismes passent une partie de leur cycle évolutif à l'extérieur de leur hôte définitif (l'homme) et vivent alors dans les aliments, la terre, l'eau ou les insectes. De nombreux protozoaires vivent à l'intérieur du tube digestif de l'hôte et sont inoffensifs ; en revanche, il en existe une trentaine qui sont pathogènes. Parmi ceux-ci, il convient de signaler les microorganismes responsables de l'amibiase et de la giardiase (infections intestinales provoquant une diarrhée), de la trichomonase (infection sexuellement transmissible) et des maladies tropicales véhiculées par des insectes vecteurs, comme la malaria (paludisme) et la maladie du sommeil (trypanosomose).

LES RICKETTSIES sont des microorganismes parasites qui associent différents aspects des bactéries et des virus et qui sont responsables de nombreuses maladies. Les rickettsioses peuvent être maîtrisées avec des antibiotiques. Ce type de microorganisme est, le plus souvent, transmis par des insectes. Les rickettsioses sont à l'origine de bon nombre des épidémies historiques les plus meurtrières. Le rôle des insectes dans le mode de transmission de la maladie n'a été reconnu qu'à la fin du 18ème siècle. A cette époque, cette découverte avait été considérée comme une victoire majeure dans la lutte contre l'infection. Les rickettsioses ne sont pas fréquentes dans les régions du monde où les populations d'insectes et de rongeurs sont contrôlées.

LES VIRUS font partie des plus petits agents infectieux connus. Ils ont une structure et un mode de reproduction plus simples que les bactéries. Ils ne peuvent pas se reproduire seuls : ils ne peuvent se multiplier qu'au sein de la cellule qu'ils parasitent. Dans leur forme la plus simple, les virus sont constitués d'une coque entourant le matériel génétique du virus. Lorsqu'ils pénètrent dans l'organisme, ils s'introduisent dans les cellules de l'hôte et les utilisent pour fabriquer les éléments nécessaires à leur multiplication. Dans ce processus, la cellule hôte est parfois détruite. La seule activité des virus est de s'introduire dans les cellules des autres organismes et de les détruire. Les virus sont bien plus difficiles à combattre que les bactéries, car le nombre de virus différents dépasse le nombre total de tous les autres microorganismes. Jusqu'à présent, il s'est avéré difficile de mettre au point des médicaments susceptibles de tuer le virus sans tuer les cellules parasitées.

En médecine, le terme GERME est utilisé pour désigner des cellules simples, indifférenciées, capable de provoquer des maladies. On les appelle également "microbes" ou "microorganismes". Par ce terme, on désigne le plus souvent les bactéries et les virus, mais il existe d'autres types de germes :

LES CHLAMYDIAE sont un groupe de microorganismes dont la taille est intermédiaire entre celle des bactéries et celle des virus. Certaines espèces de Chlamydiae sont responsables de diverses infections de la peau, de l'oeil, des ganglions lymphatiques et des poumons. Ces microorganismes ont les mêmes caractères que les virus et les bactéries et sont donc souvent difficiles à traiter avec les antibiotiques traditionnels.

LES ECTOPARASITES sont un type de parasite qui vit à l'intérieur ou à la surface de la peau de son hôte, tandis que les endoparasites vivent à l'intérieur du corps. Dès que ces microorganismes se sont introduits dans un tissu vivant, ils se multiplient rapidement, provoquant des lésions dans les tissus à proximité ou dans les tissus à distance s'ils libèrent des toxines.

LES MYCOPLASMES sont un groupe de microorganismes les plus petits qui soient capables de vivre de façon autonome. Ils sont légèrement plus petits que les virus. Bien que plus inoffensifs également pour l'homme, certains provoquent des maladies. Après avoir pénétré dans l'organisme, ces microorganismes commencent une destruction rapide des tissus et organes. Ils doivent donc être stoppés immédiatement avant que des lésions irréversibles ne se produisent.

LES PARASITES sont un groupe de microorganismes qui vivent à l'intérieur ou à la surface d'un autre être vivant. Ils s'introduisent dans l'organisme par toutes les voies d'entrée possibles (inhalation, ingestion, piqûres). Une fois à l'intérieur du corps, ils satisfont leurs besoins nutritionnels à partir du sang ou du tissu de l'hôte et, par ce processus, sont souvent à l'origine de lésions.